Nach ihrer Ankunft in Jena 1549 blieb das anschließende Schicksal der Sammlung eingebettet in die allgemeine Entwicklung der Bibliothek in Jena, die bis ins spätere 18. Jahrhundert weniger als "Bibliothek" im Sinne einer systematischen Wissensaufbereitung, sondern bestenfalls als Büchersammlung angesprochen werden kann. Noch viel weniger kann für diesen Zeitraum von einer öffentlichen Gebrauchsbibliothek im Sinne der Aufklärung die Rede sein. Nach heutigem Verständnis fungierte auch die Jenaer Bibliothek eher als Museum, wo nicht nur die nach Fakultäten grob geordneten Drucke verwahrt wurden, sondern auch Handschriften-, Münz-, Porträt- und zoologische Sammlungen sowie weitere Zimelien und Raritäten. Kurz: Die Bibliothek sah aus wie eine Kuriositätenkammer - dementsprechend verschwommen bleibt das Bild, das wir für diese Zeit von der "Bibliotheca electoralis" haben.
Die moderne Rezeptions- und Erschließungsgeschichte der "Bibliotheca electoralis" beginnt an der Wende zum 18. Jahrhundert. Einen Einschnitt für die "Bibliotheca electoralis" bedeuteten die Maßnahmen zur Umorganisation der Jenaer Bibliothek, die unter Johann Wolfgang von Goethes Leitung in den Jahren zwischen 1817 und 1824 erfolgte. Verbunden waren hiermit die Neuaufstellung des damaligen Gesamtbestandes an Druckwerken sowie die Anlage neuer Kataloge, welche die älteren Fakultätskataloge ablösten. Diese Entwicklung geht einher mit der Einführung der modernen Gebrauchsbibliothek und mit der Etablierung einer systematischen Wissensaufbereitung entsprechend der einzelnen Fachdisziplinen. Goethes Plan sah vor, die verstreuten Teilbestände und weitere bis dahin externe Bestände in einem einheitlichen aus Sachgruppen bestehenden Signaturensystem zusammenzuführen, worin auch der Bestand an Druckwerken der "Bibliotheca Electoralis" aufging. Die systematische Aufstellung blieb im Fall des Jenaer Bestandes an Alten Drucken bis ins 20. Jahrhundert hinein in Anwendung, die alten Signaturen blieben es auch darüber hinaus.