Johann Friedrich der Großmütige (1503-1554) war ein Neffe Friedrichs des Weisen, er gilt als Gründungsvater der Universität Jena und war der letzte Kurfürst von Sachsen aus dem ernestinischen Haus. Nach Luthers Tod (1546) trat Johann Friedrich als Führungsfigur der im Schmalkaldischen Bund zusammengeschlossenen antikaiserlichen Fürstenopposition auf. Die Niederlage in der Schlacht von Mühlberg (1547) bedeutete für den Ernestiner nicht nur den Verlust der sächsischen Kurwürde, sondern auch großer Teile seines Territorialbesitzes. Die Einrichtung der (Hohen) Schule in Jena ist als eine Reaktion auf den Verlust der Wittenberger Universität zu verstehen. Die Funktion der Hochschule bestand in erster Linie darin, eine einheitliche Ausbildung von Geistlichen zu gewährleisten. Am 19. Juni 1548 wurden die ersten Statuten erteilt, worin ihre Organisation geregelt wurde. Hohe Schulen, die in den Quellen auch als Gymnasien oder Pädagogien bezeichnet wurden, wurden auch außerhalb Jenas gegründet. An vielen von ihnen bildeten sich zwar auch universitätsähnliche Strukturen aus, allerdings blieb ihnen im Unterschied zu den Universitäten das Promotionsrecht versagt. Der Eintrag in die Matrikel war die Voraussetzung für die Teilhabe an den Privilegien der (Hohen) Schule, insbesondere für die Ausnahme von der städtischen Gerichtsbarkeit.