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 Baulich begann die Geschichte der Universität Jena im 1286 gegründeten Dominikanerkloster St. Pauli. Das der Memoria dienende Totenbuch des Klosters wurde vom 14. bis zum 16. Jahrhundert geführt. Als Folge der Reformation wurde das Kloster aufgehoben, und die Gebäude wurden der Hochschule zur Verfügung gestellt. 1549 gelangte hierher die «Bibliotheca Electoralis». Nach der Aufnahme akademischer Lehrtätigkeit wurden die ehemaligen Klostergebäude von Professoren und Studenten bezogen. Bis zum Ende des 16. Jahrhunderts fanden bauliche Veränderungen statt. Die ehemalige Klosterkirche wurde vom berühmten Baumeister Nikolaus Gromann (1500-1566) wieder hergestellt und fortan als Universitätskirche genutzt.