Seit dem Jahr 1556 verhandelten die ernestinischen Herzöge mit dem Wiener Hof, um für Jena den vollen Status einer Universität zu erreichen. Die Urkunde Ferdinands I. datiert bereits vom 15. August 1557. Die feierliche Einweihung der Universität erfolgte am 2. Februar 1558. Hiermit wurde der Universität das Recht erteilt, in den drei höheren Fakultäten (Theologie, Jurisprudenz, Medizin) sowie in der Artistenfakultät (der späteren Philosophischen Fakultät) Vorlesungen abzuhalten. In der Stiftungsurkunde bestätigt König Ferdinand die Einrichtung eines «Generalstudiums bzw. einer Universität». Vertretern der Fakultäten wurde das Recht zugesprochen, den Grad des Baccalaureus, Magisters, Lizentiaten und Doktors an geeignete Kandidaten zu verleihen. Darüber hinaus erhielten Doktoren und Scholaren das Privileg, sich Statuten zu verordnen und den Rektor zu wählen. Universitäten existierten in Europa seit dem 12. Jahrhundert. Neben der noch heute üblichen Bezeichnung wurden Universitäten im Mittelalter zunächst auch «studium generale» genannt. Später dann, in der Frühen Neuzeit, setzte sich zunehmend die Bezeichnung «Akademie» durch. Während es im Mittelalter für die Gründung einer Universität noch der Legitimierung durch Kaiser und Papst bedurfte, reichte ab dem 16. Jahrhundert ein Privileg durch das Reichsoberhaupt aus.
Die Matrikel dokumentieren die an der Universität Jena eingeschriebenen Studenten, zum Teil auch Professoren und andere Würdenträger. Vermerkt sind oftmals auch die Herkunft der Studenten sowie die Eidesformel, welche bei der Aufnahme in die Universität zu sprechen war. Der erste Matrikelband der Jenaer Universität enthält ein Porträt Johann Friedrichs des Großmütigen, der mit dem Reichsschwert als Zeichen der Kurwürde und mit dem ernestinischen Wappen dargestellt ist.