Jena wird erstmals im 9. Jahrhundert in einem Güterverzeichnis der Abtei Hersfeld genannt. Zur Stadt wuchs die Siedlung mit der Michaeliskirche im 12. Jahrhundert unter der Herrschaft der Herren von Lobdeburg heran. 1331 fiel Jena an die Wettiner. Als Ersatz für den Verlust Wittenbergs bestimmte Herzog Johann Friedrich 1548 die Saalestadt zum Standort der (Hohen) Schule. In der nachfolgenden Zeit prägte die Universität das Gesicht der Stadt, die ihre Infrastruktur auf die Versorgung der Hochschulangehörigen ausrichtete. Als Korporation mit eigener Gerichtsbarkeit nahm die Universität im Rahmen der Stadtverfassung eine besondere Stellung ein. Die zur Universität gehörigen Gebäude waren im Südwesten der Stadt konzentriert. Sie bestanden im 17. und 18. Jahrhundert aus der Kollegienkirche, den Hörsälen der einzelnen Fakultäten, der Universitätsbibliothek, dem Anatomischen Theater sowie Gärten und Gewächshäusern.