Die Zeit zwischen der Französischen Revolution (1789) und dem Wiener Kongress (1815) war eine tief greifende Umbruchphase, von der zahlreiche Universitäten erfasst wurden. Die Universität Jena profitierte von dieser Entwicklung und stieg - nach vorheriger Krise - bis 1800 zu einer der meistbesuchten Hochschulen in Deutschland empor. Johann Wolfgang von Goethe, der 1775 auf Initiative des jungen Herzogs Carl August von Sachsen-Weimar nach Weimar gekommen war, hielt sich oft in Jena auf. Er pflegte enge Beziehungen zu Jenaer Professoren und ging hier seinen naturwissenschaftlichen Studien nach. Sein vielfältiges wissenschaftliches Engagement mündete 1815 in die Einrichtung eines eigenständigen Ministeriums, welches Goethe bis zu seinem Tod 1832 leitete. Ebenso geht auf seine Initiative die Umgestaltung der Universitätsbibliothek Jena zu einer fachsystematisch geordneten Gebrauchsbibliothek zurück.