Unter dem Einfluss der Aufklärung vollzog sich im 18. Jahrhundert der Aufstieg der Artisten- bzw. Philosophischen Fakultät. Sie vereinte damals nicht nur die geisteswissenschaftlichen Fächer, sondern auch die meisten naturwissenschaftlichen Disziplinen. Die Übernahme der aufklärerischen Ideen Immanuel Kants bildete die Voraussetzung für die Ausbildung der philosophischen Richtungen des Idealismus und der Romantik, die mit Jena besonders eng verbunden sind. In Jena setzte sich der Philosophieprofessor Karl Leonhard Reinhold zwischen 1787 und 1794 erstmalig mit Kant auseinander. Seine Nachfolge trat Johann Gottlieb Fichte an, dessen Jenaer Philosophievorlesungen epochal wurden. Ein frühes Ende fand seine Tätigkeit durch den «Atheismusstreit», in dem Fichte von seinen Gegnern politischer Motive verdächtigt wurde. Georg Wilhelm Friedrich Hegel kam 1799 nach Jena und vollendete hier 1807 sein Hauptwerk «Die Phänomenologie des Geistes», das seiner Aussage gemäß unter dem Donner der Schlacht von Jena vollendet worden sei.